Por solicitud del Presbítero Pedro Gómez Villegas a la Secretaría de Educación del Departamento de Antioquia, para que se creara en el sector de San Javier, un Liceo masculino, el entonces Secretario de Educación, Doctor Rafael J. Mejía, presentó el respectivo proyecto a la Asamblea Departamental. Se creó así el “Liceo de Varones San Javier”, por la ordenanza No. 9 del 18 de noviembre de 1963. Con la única finalidad de educar y formar para el futuro a los jóvenes que por él pasasen a través de los años. 

Desde su creación el establecimiento ha tenido como Rectores:

• Mario Uribe Ruiz (1964 a 1969)
• Guillermo Montoya Ríos (1970 a 1971)
• Gustavo Duque Jaramillo (1972 a 1987)
• Darío Vargas Arango (1987 a 1999)
• Orlando Sánchez Urrego (actual rector)

En el transcurso de los años, la Institución Educativa Samuel Barrientos Restrepo ha sido un establecimiento sobresaliente en el campo de la educación, tanto a nivel regional como departamental. En lo académico, lo profesional y deportivo, sus exalumnos, en un significativo porcentaje con títulos universitarios, ocupan hoy honrosas posiciones en entidades públicas y privadas, hasta llegar a la propia Cámara de Representantes, desempeñándose con capacidad, ética y espíritu de servicio. 

Se ha honrado y se honra la Institución con un gran número de alumnos y exalumnos que con dignidad y amor han sabido llevar por los diferentes campos de las disciplinas deportivas, las representaciones de Antioquia y de Colombia para engrandecerlas de gloria y triunfos adornados con trofeos y medallas. 

En los encuentros matemáticos ha obtenido el primer puesto tanto en el primero como en el segundo nivel. En la Feria de la ciencia, tanto a nivel municipal como departamental, también la institución ha recibido meritorias distinciones. 

El 29 de noviembre de 1983 el gobierno nacional, a través del Ministerio de Educación y el Director del ICFES, otorgó a la Institución la mención de honor Andrés Bello, por el aumento significativo del rendimiento de los estudiantes en las pruebas del Estado y confirmadas por los altos porcentajes de estudiantes que ingresaban a las distintas universidades públicas y privadas. En los últimos años hemos venido ocupando un nivel Alto en dichas pruebas ICFES, obteniendo reconocimiento del gobierno Municipal en el 2004. En las denominadas pruebas SABER, la Institución en el año 2003 obtuvo como reconocimiento especial por sus resultados en la básica secundaria, una escultura metálica de tamaño natural, otorgada por la Secretaría de Educación. 

Finalmente, resaltamos la participación durante varios años en la denominadas Olimpiadas del Saber, programadas por las cadenas radiales RCN y TODELAR, eventos en los cuales la institución ocupara el primer puesto en tres oportunidades y fue finalista en las demás. 

De igual manera, se consiguió que la Consejería de la Presidencia aportara los dineros para la compra de un solar para adecuación de la planta física, el que en la actualidad constituye la placa polideportiva de la Institución. En el año 2002, por directriz estatal: Resolución Nº 26292 del 27 de noviembre de 2002 se fusiona con las sedes MONSEÑOR PERDOMO, PÍO XII y el SOCORRO.

En el año 2002 por directriz estatal: Resolución Nº 26292 del 27 de noviembre de 2002 se fusiona con las sedes Monseñor Perdomo, Pío XII.